Руководство университета
Миронов Арсений Станиславович
Власенко Сергей Георгиевич
Стояновский Михаил Юрьевич
Гуров Михаил Борисович
Смирнов Александр Владимирович
Беленко Наталья Георгиевна
Володихин Дмитрий Михайлович
Толпаров Александр Александрович
Структурные подразделения
Ректорат
Секретариат ученого совета
Библиотека
Департамент по учебно-методической работе
Управление контроля качества образовательных программ, лицензионных требований и аккредитации
Департамент организации приема абитуриентов и довузовской подготовки
Отдел дополнительного профессионального образования
Управление кадров
Отдел по работе с персоналом
Управление по работе со студентами, воинского и миграционного учета
Канцелярия (отдел документационного обеспечения)
Агентство по карьере молодежи
Отдел подготовки кадров высшей квалификации
Пресс-служба
Управление международного сотрудничества
Телеграм: 
https://t.me/MSUTMInternational (+7 995 922 02 55)
Управление планово-финансовой деятельности
Департамент информационных систем
Управление по взаимодействию с региональными структурными подразделениями
Управление по работе с казачеством, духовно-нравственному и военно-патриотическому воспитанию
Отдел по работе с архивом
Отдел планирования
Управление цифровой трансформации и мониторинга
Отдел по работе с региональными структурными подразделениями
Управление образовательными программами среднего профессионального и общего образования
Подготовительное отделение для иностранных граждан
Телеграм: https://t.me/MSUTMInternational (+7 (995) 922-02-55)
Студенческий офис
Контрактная служба
Центр досуга молодежи
Центр по набору и сопровождению иностранных студентов
Отдел ресурсного обеспечения
Отдел проектирования образовательных программ
Отдел планирования и организации учебного процесса
Сектор итоговой аттестации и выдачи дипломов
Сектор статистики и сводной отчетности
Транспортный отдел
Управление бухгалтерского учета
Отдел учета доходов
Материальный отдел
Отдел учета банковских и кассовых операций
Отдел контроля качества образовательных программ
Отдел контроля лицензионных требований и аккредитации
Управление по научно-исследовательской деятельности
Экспертно-аналитический центр казачества
Инновационная образовательная лаборатория "Точка кипения"
Дивизион «Организация образовательной деятельности»
ФОК с бассейном
Комплекс общежитий
Управление по административно-хозяйственной работе
Отдел администрирования и технического сопровождения
Управление по поддержке и реализации казачьих молодежных инициатив
Отдел по управлению имущественным комплексом
Управление эксплуатации и ремонта имущественного комплекса
Служба главного энергетика
Управление по молодежной политике
Отдел по делам казачества
Центр творчества молодежи
Управление стратегических проектов и программ
Центр информационного сопровождения сайта
Отдел дизайна и подготовки контента
Студенческий отдел кадров
Отдел воинского учёта
Отдел миграционно-визового сопровождения
Управление по внедрению цифровых образовательных решений
Финансово-аналитический отдел
Управление разработки, телекоммуникаций и технической поддержки
Управление безопасности
Центр оценки и развития управленческих компетенций
Касса
Отдел бюджетной отчетности
Управление образовательными программами высшего образования
Экономическое управление
Отдел мониторинга и анализа данных
Отдел сопровождения мероприятий
Отдел расчетов по оплате труда и стипендии
Отдел комплексной безопасности
Психологическая служба
Управление администрирования, технологического и ресурсного обеспечения
Отдел телекоммуникаций и технической поддержки пользователей
Отдел информационной безопасности и разработки программного обеспечения
Отдел экономической и региональной безопасности
Группа учета и отчетности региональных институтов
Группа учета доходов от оказания платных образовательных услуг ВО, СПО
Группа учета доходов от НИОКР, иных платных услуг
Группа расчетов с персоналом по оплате труда
Группа расчетов с обучающимися по стипендии
Патентное бюро
Центр молодежного туризма
Отдел информатизации образовательной деятельности
Отдел конгрессно-выставочных мероприятий
Центр сопровождения конкурсной деятельности
Сектор молодежных научных проектов
Отдел научной статистики
Департамент кадровой политики
Правовой департамент
Коммерческий департамент
Юридический отдел
Департамент дополнительного образования
Факультеты
Факультет пищевых технологий и биоинженерии
Факультет цифровых технологий
Факультет экономики и управления
Факультет социально-гуманитарных технологий
Факультет биотехнологий и рыбного хозяйства
Юридический факультет
Факультет дизайна
Региональные институты
Поволжский казачий институт управления и пищевых технологий
Московский областной казачий институт технологий и управления
Смоленский казачий институт промышленных технологий и бизнеса
Липецкий казачий институт технологий и управления
Башкирский институт технологий и управления
Университетский казачий кадетский корпус-интернат
Сибирский казачий институт технологий и управления
Донской казачий государственный институт пищевых технологий и бизнеса
Кубанский казачий государственный институт пищевой индустрии и бизнеса
Пензенский казачий институт технологий